Ștefan Gușă a murit la 28 martie 1994, la 54 de ani.
Șef al Marelui Stat Major al Armatei Române (1986-1989), a făcut parte din echipa de generali trimisă de Nicolae Ceaușescu la Timișoara la 17 decembrie 1989, fiind prezent acolo în perioada în care a avut loc represiunea din 17-20 decembrie 1989, în urma căreia au murit 73 de persoane.

La data de 17 decembrie 1989, fiind aflat în funcția de șef al Marelui Stat Major al Armatei Române, a fost trimis la Timișoara, împreună cu un colectiv de generali, pentru a reprima revoluția care începuse în acest oraș și de a cărei izbucnire erau acuzate agenturile străine de spionaj.
Prin relatarea care o va face ulterior, Gușă neagă responsabilitatea sa în represiunea sângeroasă și pozează în erou: „Am evitat un dezastru recuperând tancurile ajunse în mâinile răsculaților Timișoarei, dar n-am executat ordinele de reprimare și nici pe acelea de a-i aresta pe cei din clădirea Operei”, declară el mai târziu într-un interviu acordat jurnalistului militar, col. George Vasile.
Din declarațiile sale, ar reieși că din 20 decembrie, ora 15:30, ar fi fost silit să dea ordinul de retragere a armatei în cazărmi: „În momentul când mi-am dat seama de sensul și proporțiile luptei populare, am oprit orice amestec al armatei în desfășurarea evenimentelor”.
Generalul Gușă raportează la ora 14.20 ministrului Apărării Naționale că: “demonstranții au trecut peste cordoanele de militari și scandează în fața sediului Comitetului Județean de Partid: «Libertate!», «Armata e cu noi!». Încerc, conform ordinului dumneavoastră, să repliez trupele în cazărmi“. La ora 15.30, toți militarii și tehnica de luptă se aflau deja în unități.
În seara zilei următoare a vrut să se întoarcă la București, dar ministrul Vasile Milea i-a cerut să rămână la Timișoara.
„Unii s-au grăbit să ia avionul spre București. Am avut, o clipă, impresia că vor să mă facă pe mine răspunzătorul pentru ceea ce făcuseră alții.
Dar m-a sunat Milea și mi-a spus: Ștefane, rămâi acolo și mai ales ai grijă de tine!. Am rămas.”
După fuga lui Nicolae Ceaușescu la 22 decembrie 1989, se reîntoarce la București, unde află de numirea de către Ceaușescu a generalului-locotenent Victor Atanasie Stănculescu în funcția de ministru interimar al Apărării Naționale, după sinuciderea generalului Vasile Milea.
Este nevoit să accepte decizia lui Stănculescu care dăduse ordin trupelor armatei să se întoarcă în cazărmi, trecând de partea Revoluției.
Cooptat de Ion Iliescu, în seara zilei de 22 decembrie 1989, la ora 19, lansează, din clădirea CC al PCR, un mesaj pentru retragerea populației de pe străzi:
„Vă vorbește generalul-maior Gușe. Cetățeni ai Romăniei noi, armata și poporul sunt stăpâni pe situație aproape în întreaga țară. Mai sunt cuiburi izolate de disperați care încearcă să ne distrugă ceea ce am cucerit. Nu au reușit și nu vor reuși. Toată populația să treacă în liniște la lucru, pentru a putea aproviziona cu cele necesare copiii, bătrânii, femeile, întreaga populație. Să restabilim liniștea în aceste momente istorice, dar și dificile. Vă rog să dați dovadă de mult patriotism, de dragoste de țară. Să instaurăm cât mai repede cursul nou al vieții. Totul trebuie să intre în normal cât mai repede. Acționați împotriva celor care încearcă să ne destabilizeze, împotriva celor care încearcă să spargă magazinele. Apărați valorile noastre naționale. Să acționăm pentru a asigura liniștea țării, suveranitatea și integritatea teritorială a României.” – spune Wikipedia.

Sergiu Nicolaescu a declarat, în presă, că generalul Gușă a vrut să dea o lovitură de stat în seara zilei de 23 decembrie 1989, dar nu a găsit suport la comandanții armatei.
În declarația făcută în iunie 2005 la Secția Parchetelor Militare, în dosarul mineriadei din 13-15 iunie 1990, fostul președinte Ion Iliescu afirmă că generalul Ștefan Gușă i-a propus în data de 24 decembrie 1989 să lanseze un mesaj către populație pentru ca aceasta să se retragă de pe străzi, deoarece nu mai este nevoie și ar muri oamenii degeaba. El ar fi solicitat pentru ca să se dea Armatei sarcina de a asigura siguranța și cetățenilor. Dar, membrii CFSN nu au fost de acord, mai spune Wikipedia.
O comisie guvernamentală de investigare a evenimentelor din 1989 de la Timișoara, condusă de Viorel Oancea, a propus în 1990 trimiterea sa în judecată pentru participare la reprimarea revoluției. În anul 1997, în rechizitoriul Parchetului Militar prin care au fost trimiși în judecată generalii Victor Atanasie Stănculescu și Mihai Chițac s-a constatat și vinovăția generalului Gușă – dar în cazul său procesul n-a putut avea loc ca urmare a decesului.

S-a îmbolnăvit de cancer osos, iar în ultimele trei luni din viață a stat întins pe spate și complet nemișcat pe patul unui spital din Viena.
Știind că va muri, fiind bolnav incurabil și întrebat de către un jurnalist de la ce i se trage boala, generalul a afirmat: „Poate, dar nu sunt sigur, de la acea cafea (n.n. cafeaua băută în noaptea de 22/23 decembrie 1989). După ce am băut-o m-am simțit tot mai rău. Pe 30 decembrie 1989, seara, m-am întâlnit cu ai mei la Predeal și nu mă mai recunoșteau. Am ieșit anul trecut din spital. Am mințit că mă simt bine și am plecat în aplicație. Dar mi-a fost tot mai rău. Am fost o săptămână, pentru investigații, la o clinică din Paris. Mi-au sosit analizele de la Viena. Dumnezeule, cu ce am greșit?”…
Valentin Gabrielescu, președintele Comisiei Senatoriale Decembrie 1989: “Nu este nici o îndoială în faptul că generalul Gușe a murit normal. Era bolnav de multă vreme de cancer, așa că orice variantă în legătură cu dispariția suspectă a generalului nu-și are rostul” (“Timișoara”, 5 aprilie 1994).

La 1 aprilie 1994, Asociația 17 Decembrie a protestat împotriva cultului personalității de care a beneficiat Generalul Gușă, încă din 1993, prin lucrarea lui Pavel Coruț, intitulată Să te naști sub steaua noastră! și continuată mai apoi prin Fundația pe care și-a creat-o pentru propria sa glorificare.
La data de 9 ianuarie 1997, a fost înființată Fundația „General Ștefan Gușă”, ca fondatoare fiind Daniela Veronica Gușă de Drăgan, fiica generalului și soția omului de afaceri Iosif Constantin
Drăgan, născut la Lugoj și ajuns unul dintre cei mai bogați oameni din Italia pe timpul dictaturii comuniste din România.